Introducción práctica a Nextflow

Sobre el taller

Este taller introductorio, a cargo de Francisco Martin García, está orientado a personas que quieran comenzar a desarrollar o ejecutar flujos de trabajo utilizando Nextflow, un lenguaje de programación orientado a la definición de pipelines reproducibles, portables y escalables. Durante el encuentro se abordarán los siguientes temas:

• Motivación y ventajas del uso de gestores de workflow.
• Introducción a la sintaxis de Nextflow.
• Definición de procesos, canales y ejecución básica.
• Manejo de datos de entrada y salida.
• Manejo y desarrollo de Modulos y containers.
• Ejemplos prácticos de pipelines simples. El enfoque será teórico-práctico, con ejercicios guiados para que cada participante pueda ejecutar su primer flujo de trabajo y entender su estructura.

Conocimientos mínimos:

• Uso básico de la línea de comandos en Linux o macOS.
• Familiaridad con conceptos generales de bioinformática o análisis de datos (no excluyente).
• Conocimientos básicos de scripting (bash, Python, R) serán útiles pero no obligatorios.